Vào giữa thập niên 1630, nông dân vùng bán đảo Shimabara và quần đảo Amakusa, do không hài lòng với chế độ thuế khoá nặng nề và chịu ảnh hưởng của nạn đói, đã nổi dậy chống lại các lãnh chúa của họ. Điều này đã diễn ra đặc biệt nổi bật trong lãnh thổ cai trị bởi hai lãnh chúa: Matsukura Katsuie của phiên Shimabara, và Terasawa Katataka của phiên Karatsu.[4] Những người bị ảnh hưởng cũng bao gồm cả ngư dân, thợ thủ công và thương gia. Khi cuộc nổi loạn lan rộng, các rōnin (samurai vô chủ), người đã từng phục vụ các gia tộc, như Amakusa và Shiki, những người đã từng sống trong khu vực, cũng như cựu gia tộc Arima và các thuộc hạ của Konishi, cùng tham gia vào cuộc nổi dậy.[4] Như vậy, hình ảnh một cuộc khởi nghĩa được mô tả hoàn toàn của "nông dân" cũng là không hoàn toàn chính xác.[5]

Shimabara đã từng là phiên thuộc quyền quản lý của gia tộc Arima, vốn là tín đồ Công giáo; kết quả là, nhiều người dân địa phương cũng là Kitô hữu. Gia tộc Arima bị chuyển đi vào năm 1614 và được thay thế bởi gia tộc Matsukura.[6] Vị lãnh chúa mới, Matsukura Shigemasa, hy vọng thăng tiến trong hệ thống cấp bậc Mạc phủ, đã tham gia vào nhiều dự án xây dựng, bao gồm cả việc xây dựng và mở rộng lâu đài Edo, cũng như cuộc xâm lược Luzon ở Đông Ấn Tây Ban Nha (nay là một phần của Philippines). Ông cũng cho tiến hành xây dựng một lâu đài mới tại Shimabara.[7] Kết quả là, ông đã đặt lên một gánh nặng thuế khoá đáng kể không cân xứng cho người dân trong phiên mới của mình và tiếp tục khiến họ tức giận bằng cách đàn áp nghiêm khăc Công giáo.[7] Các chính sách này được tiếp tục thi hành bởi người thừa kế của Shigemasa, Katsuie.

Những cư dân của quần đảo Amakusa, vốn là một phần của thái ấp của Konishi Yukinaga, bị bức hại tương tự dưới sự cai trị của gia tộc Terasawa, giống như Matsukura, đã bị di chuyển đến đó.[8] Các samurai vô chủ khác trong khu vực bao gồm các cựu lãnh tụ của Katō Tadahiro[ja] và Sassa Narimasa, cả hai đều từng cai trị một phần của tỉnh Higo.